Varsinais-Suomen maaseutuoppilaitoksen kuntayhtymä perustettiin vuonna 1997. Nykyinen tiimeihin jaettu organisaatio astui voimaan vuoden 2004 alussa.

Varsinais-Suomen maaseutuoppilaitoksen kuntayhtymän organisaatiossa ylintä päätösvaltaa käyttää yhtymäkokous. Yhtymäkokous valitsee jäsenet yhtymähallitukseen, joka toimii kuntayhtymän toimeenpanevana elimenä.

Kuntayhtymän johtajana toimii oppilaitoksen rehtori. Organisatorisesti toiminta on jaettu seitsemään tiimiin: Eläin-, Luonto- ja ympäristö-, Maatalous-, Metsä-, Kukka-, Tuotanto- sekä Vihertiimi. Kolme viimeksi mainittua ovat puutarha-alan tiimejä. Lisäksi on tukitoimintoja kuten hallinto ja palvelut.

Kaikkiaan oppilaitoksen palveluksessa on 95 henkilöä sisältäen sivutoimiset tuntiopettajat. Tuorlassa työskentelee 66 henkilöä ja Paimiossa 29 henkilöä.